馬清運生于1965年，1988年畢業(yè)于清華大學(xué)建筑系，并獲建筑工程學(xué)士學(xué)位。次年赴美國費城賓夕法尼亞大學(xué)美術(shù)研究生院，攻讀建筑碩士學(xué)位。成為繼梁思成、陳植等建筑學(xué)前輩之后首位獲獎學(xué)金就讀賓夕法尼亞大學(xué)建筑系的中國人。馬清運先生在賓夕法尼亞大學(xué)期間，曾獲得Shenck-Woodman歐洲旅行獎。1991年畢業(yè)時獲Frank-Miles Day榮譽畢業(yè)并取得建筑碩士學(xué)位。畢業(yè)后曾先后在費城Ballinger及紐約KPF任設(shè)計師、高級設(shè)計師，成為這兩個建筑事務(wù)所的主要設(shè)計力量。在Ballinger期間，為該公司從服務(wù)型事務(wù)所轉(zhuǎn)化為設(shè)計型事務(wù)所立下汗馬功勞。在KPF期間成為該事務(wù)所早期東南亞工程事務(wù)的開拓型成員之一。1995年 在紐約成立馬達(dá)思班建筑師事務(wù)所，該事務(wù)所作品以獨創(chuàng)的風(fēng)格和精良的設(shè)計受到建筑界的好評。實踐經(jīng)驗跨越多種建筑類型，包括：文化教育、科研、辦公、居住等。
馬清運不但精于實踐，并且勤于教育、研究。從1992年開始，馬清運先生開始在賓夕法尼亞大學(xué)美術(shù)研究生院任客座教授，任James Corner教授景觀及建筑工作室指導(dǎo)，成為該院的第一位華人教師。1995年任中國深圳大學(xué)建筑系客座教授及設(shè)計院院長助理。1997年成為賓夕法尼亞大學(xué)藝術(shù)研究生院的全職教師，任研究生主線設(shè)計工作室（core studio）教授及畢業(yè)論文的導(dǎo)師。馬清運先生的學(xué)術(shù)興趣集中于城市中的基因元素，都市與建筑的本體關(guān)系，快速建造及環(huán)境的中國性。指導(dǎo)過的研究生論文中有：Archote (微膚建筑)；Thin City（薄城）；C.C. Tokyo(密碼城市東京)；Teheran: City of Antithetical Coexistence(德黑蘭 對立共存); Picnolapse: strategy of lie(思維空白；撒謊策略)等有爭議性又極富啟發(fā)性的論文專題，并多次推薦賓夕法尼亞大學(xué)優(yōu)秀論文獎。除賓夕法尼亞之外，馬清運先生還多次被聘請到哈佛（Harvard）、貝爾拉格（Berlage）、康奈爾（Cornell）、潭普（Temple）、邁阿密（Miami）大學(xué)做設(shè)計評委及畢業(yè)答辯評委。
在費城工作期間，馬清運更作為費城城市管理委員會公共藝術(shù)與建筑項目八人審查小組的一員，對費城城市公眾投資項目進(jìn)行各方面的評估及審查。
1996年，馬清運參與并協(xié)助了國際知名建筑師Rem Koolhaas 在哈佛大學(xué)舉行的珠江三角洲城市狀態(tài)的研究，并成為Koolhaas先生《大躍進(jìn)》(Great Leap Forward)一書的評論員（Commentator）
1997年馬清運更被Rem Koolhaas推薦參加在法國蓬皮杜藝術(shù)中心（Pompidou Center）舉辦的題為“新世紀(jì)建筑的趨勢”的演討及展覽會，成為21位世界范圍內(nèi)選擇出的青年建筑師中唯一的中國人。作品在ARCHITECTURAL RECORD（美國）、A+U(日本)、SPACE DESIGN（日本）、BUWELD（德國）等國際性刊物上發(fā)表，并參加威尼斯雙年展（Venice Biennale）、德國柏林Aedes East亞太周的中國建筑五人展等國際性展覽。
2001年3月馬清運在接待國際奧委會評估團(tuán)對北京申辦2008年奧運會評估考察工作中，是第二位發(fā)表演講的陳述專家。馬清運在對主題10“奧運村”進(jìn)行的陳述中包括了北京城市發(fā)展原則、發(fā)展遠(yuǎn)景及奧運村規(guī)劃等。此舉為北京申辦2008年奧運會成功做出了積極的貢獻(xiàn)。
并在2003年，與荷蘭大都會建筑事務(wù)所Rem Koolhaas合作北京央視大廈和北京CBD核心區(qū)。對北京CBD核心區(qū)的規(guī)劃發(fā)展提出了獨特有力的見解。
同年因積極參與推進(jìn)市“一城九鎮(zhèn)”試點工作，被上海市青浦區(qū)人民政府聘為朱家角中心鎮(zhèn)建設(shè)建筑顧問。
2004年主持了“荷蘭Berlage學(xué)院—馬達(dá)工作室”，并對徐匯區(qū)歷史風(fēng)貌保護(hù)及再發(fā)展進(jìn)行了調(diào)查和研究工作。
實踐經(jīng)歷：
1990-1991 美國費城BALLINGER 建筑師事務(wù)所，高級設(shè)計師
1991-1995 美國紐約KPF設(shè)計師事務(wù)所，高級設(shè)計師
1997-2000 美國費城 Kling Lindquist 設(shè)計師事務(wù)所，高級設(shè)計師
1996至今 美國紐約MADA建筑師事務(wù)所
實施項目:
恒隆廣場,中國上海（KPF參與設(shè)計）
寧波日報社總部,中國寧波
浙江大學(xué)寧波分校,中國寧波
博雅園展示廳,中國北京
東方匯景園，中國上海
天一廣場（CCD），中國寧波
寧波老外灘歷史街區(qū), 中國寧波
藍(lán)田玉山石柴，中國西安
北京百島園， 中國北京
無錫站前商貿(mào)區(qū)， 中國無錫
上海萬科蘇豪街， 中國上海
上海青浦夏陽湖浦陽閣， 中國上海
上海青浦橋梓灣商城， 中國上海
西安廣電世紀(jì)園，中國西安
國際競賽:
波蘭華沙市中心重建規(guī)劃
德國慕尼黑舊機(jī)場改建規(guī)劃
威尼斯公共汽車站
深圳文化中心
北京CBD核心區(qū)
法國里昂汽車廠
出版、參展：
1997 法國蓬皮杜藝術(shù)中心舉辦的新世紀(jì)建筑新趨勢研討會
2001 德國柏林，中國建筑五人展
2001 日本S D 獲獎作品展
2002 意大利威尼斯雙年展
2002 上海雙年展
2003 法國蓬皮杜中心
2003 德國柏林Aedes展
2003 英國費頓出版社
2003 入選美國設(shè)計雜志《建筑實錄》世界十位“設(shè)計先鋒”建筑事務(wù)所之一
2003 日本A+U刊登《Father’s House in Jade Mountain（玉山石柴）》
2004 2月德國柏林Aedes建筑畫廊，舉辦馬達(dá)思班建筑作品個展
5月西班牙巴塞羅納Aedes建筑畫廊，馬達(dá)思班建筑作品個展
5月法國波爾多arc en reve 建筑中心，參與East-West/North-South展覽
11月維也納Zumtobel Staff 畫廊，馬達(dá)思班建筑作品個展
2005 4月英國曼徹斯特CUBE畫廊，馬達(dá)思班建筑作品個展
7月英國伯明瀚Custard Factory， 馬達(dá)思班建筑作品個展
9月英國倫敦Candid Arts Center，馬達(dá)思班建筑作品個展
11月廣州三年展 主題講座
12月朱家角及寧波項目參加深圳雙年展
2006 意大利建筑專業(yè)雜志DOMUS刊登專題特輯《MADA VOLCANO》
6月《建筑新潮流》世界巡展希臘首站
7月鹿特丹荷蘭建筑師協(xié)會中國建筑展
